Gimnazjum im. Stefana Batorego w Warszawie zostało założone 1 września 1918 jako Królewsko-Polskie Gimnazjum im. Stefana Batorego. Od 15 września 1924 działa w budynku przy ul. Myśliwieckiej 6. Od 1958 szkoła działała pod nazwą II Liceum im. Stefana Batorego. W 1999 wraz ze zmianą ustroju szkolnego przy liceum ponownie utworzono Gimnazjum nr 33 im. Stefana Batorego, które w 2014 roku zostało przekształcone w Gimnazjum Dwujęzyczne.
Od 2005 roku w liceum równolegle do polskiego programu nauczania realizowany jest program Matury Międzynarodowej. W liceum większość klas jest klasami dwujęzycznymi. Od 2016 roku klasy licealne są objęte programem patronackim wyższych uczelni warszawskich, WUM, UW: Wydział Prawa i Administracji, Wydział Biologii, Wydział Chemii, Zarządzania, PW, SGH.
W 2017 roku, w związku ze zmianą ustroju szkolnego szkoła została przekształcona w II Liceum Ogólnokształcące z Oddziaami Dwujęzycznymi im. Stefana Batorego, a oddziały gimnazjalne zostają wygaszane.
Dyrektorem szkoły jest Barbara Kordas. W szkole jest trzech wicedyrektorów: Joanna Szcześniak, Krzysztof Ściechowski i Michał Malarski.
Przy szkole działa Stowarzyszenie Wychowanków Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego. Od 2017 roku przy szkole działa Fundacja Społeczności Liceum Batorego założona przez absolwentów i sympatyków szkoły.