Władze Stowarzyszenia wybierane są na walnych Zebraniach Członków, które odbywają się co cztery lata.
Walne Zebranie Członków 27.01.1996 uchwaliło nieznaczne zmiany w Statucie Stowarzyszenia, z których najistotniejsze było określenie zadań organizacji, wprowadzenie prawa dokooptowywania członków zarządu i komisji rewizyjnej oraz powołanie prezydium zarządu. Statut ze zmianami został zatwierdzony postanowieniem Sądu Wojewódzkiego Wydział VII Cywilny i Rejestrowy w Warszawie dnia 18.12.96, po której to dacie możliwe było powołanie trzech nowych członków zarządu. Dokooptowano dziennikarza W. Nowowiejskiego, znanego działacza harcerskiego J. Szulskiego i rutynowanego organizatora konferencji i zjazdów naukowych dr K. Maya. Było to poważne wsparcie zespołu organizującego Zjazd Wychowanków w 1998 r. Wśród celów Stowarzyszenia na pierwszym miejscu postawiono "współdziałanie z Liceum Ogólnokształcącym im. Stefana Batorego w Warszawie, oraz udzielanie wszechstronnej opieki i pomocy Szkole, kształtowanie postaw młodzieży, wpajanie i rozwijanie patriotyzmu, szacunku dla wiedzy, pracy i prawdy". Do najważniejszych środków działania zaliczono "łączność i współdziałanie z dyrekcją, radą pedagogiczną, komitetem rodzicielskim i samorządem uczniowskim Szkoły".
W pracach Stowarzyszenia, zwłaszcza nad przygotowaniem Zjazdu w 1998 roku, poza członkami Zarządu, brali aktywny udział także inni koledzy, jak Alicja Strojnowska, pracująca nad biogramami wychowanków z lat 1945-1975, Andrzej Miłkowski, sprawujący opiekę nad współpracą z 23 WDH, czy Maria Hornowska-Kink organizująca prace wydawnicze. Stowarzyszenie rozwijało się dość dynamicznie. Stan członków przedstawiał się następująco: 1992 - 226, 1993 - 332, 1994 - 382, 1995 - 496, 1996 - 512, 1997 - 610.
Na Zjazd Wychowanków w 1998 r. przygotowano takie pamiątki, jak:
W 1996 r. Stowarzyszenie ufundowało galerię portretów dyrektorów Szkoły zainstalowaną w hallu głównym na parterze.
Wszystkie pokrótce wymienione prace i działania wymagały zabezpieczenia strony finansowej. Zapewniono je dzięki nadzwyczaj niskim wydatkom administracyjnym (ok. 130 zł miesięcznie), wszyscy bowiem zaangażowani w prace Stowarzyszenia pełnili je honorowo, bez jakiegokolwiek wynagrodzenia. Wszystkie środki płynące ze składek członkowskich, sprzedaży pamiątek, darowizn przeznaczono na cele przewidziane w statucie, których realizację przedstawiono powyżej.
W okresie od 1998 r. do 2003 r. Stowarzyszenie organizowało tradycyjne spotkania z okazji Świąt Bożego Narodzenie i Wielkiej Nocy, jak również czynnie uczestniczyło w corocznych obchodach Święta Szkoły. Podczas tej uroczystości wręczano nagrody Stowarzyszenia najlepszym uczniom, a absolwentom sprzed 50-ciu lat pamiątkowe dyplomy. Prelegenci ze Stowarzyszenia prowadzili pogadanki w pierwszych klasach o historii, tradycjach Szkoły i własnych przeżyciach w czasie pobytu w Szkole. Prace organizacyjne związane ze Zjazdem w roku 2003 prowadzone były przez wszystkich członków Zarządu Stowarzyszenia. Kierował nimi i odpowiedzialnym za organizację był kol. Jerzy Kieli (r.m. 1949). Specjalne przedzjazdowe wydanie "Głosu Batoraków" opracował kol. Kazimierz May. Na Zjazd przygotowano drugie poprawione i uzupełnione wydanie "Pochodem idziemy" oraz krawaty batorackie i znaczki okolicznościowe.
Z okazji Zjazdu na 85-cio lecie Szkoły Stowarzyszenie ufundowało tablicę upamiętniającą powołanie Szkoły do życia, powstanie budynku Szkoły w latach 1922-1924 oraz Jej pierwszego Dyrektora.
Tablica ta stanowi kontynuację pozostawiania po kolejnych zjazdach trwałych pamiątek, zapoczątkowaną podjęciem w 1993 r. decyzji o budowie pomnika na grobie pierwszego Dyrektora Szkoły Zdzisława Rudzkiego w Cieszynie, którego poświęcenie nastąpiło 7 października 1995 r. oraz ufundowaniem w 1998 roku na 80-cio lecie sztandaru Szkoły.
W październiku 2004 r. odbyło się Walne Zebranie Członków Stowarzyszenia poświęcone wyborom Prezesa oraz Zarządu i Komisji Rewizyjnej. Wieloletni Prezes Stowarzyszenia Prof. Czesław Uhma zgłosił zdecydowanie swoją rezygnację z kandydowania do władz Stowarzyszenia. Za jego wkład w działalność Stowarzyszenia Walne Zebranie przyznało Prof. Czesławowi Uhmie dożywotnio tytuł Honorowego Prezesa Stowarzyszenia i Złotą Odznakę Stowarzyszenia. - zobacz pro memoriam
W wyniku przeprowadzonych tajnych wyborów nowym Prezesem Stowarzyszenia został kol. Bohdan Wiśniewski z rocznika maturalnego 1951. Wiceprezesami wybrano kol. Jadwigę Rosochacką i kol. Grzegorza Gałka. W skład Zarządu weszli ponadto koleżanki i koledzy:
Ponadto dokooptowano do pracy w Zarządzie kol. Jacka Baranowskiego. W skład Komisji Rewizyjnej weszli:
Na zebraniu uchwalono, aby kadencja nowo wybranego Zarządu trwała ok. 2,5 roku, najpóźniej do połowy roku 2007, aby Zarząd wybrany na następną kadencję miał co najmniej jeden rok na przygotowanie w roku 2008 Zjazdu z okazji 90-cio lecia Szkoły.
W roku 2004 Stowarzyszenie podjęło trud ustawienia na wewnętrznym dziedzińcu Szkoły, za popiersiem Batorego, dwóch obelisków pochodzących z frontowych schodów cukierni Lardellego przy ul. Polnej w dzielnicy niemieckiej, na których nasz kolega z rocznika maturalnego 1939 Alek Dawidowski namalował w 1943 roku znaki Polski Walczącej tzw. „kotwice”. Uroczyste odsłonięcie tych obelisków nastąpiło w dniu „Święta Szkoły” obchodzonego w tym roku 25 września.
Ponadto Stowarzyszenie wydało w nakładzie 200 egzemplarzy pracę dwóch naszych absolwentek z rocznika 2004 pt. „Wadzić się – rzecz ludzka” opisującą różne momenty z życia naszej Szkoły, budzące niejednokrotnie wiele sporów i kontrowersji.